La Universidad Dr. José Matías Delgado inicia sus actividades académicas con tres facultades:
- Facultad de Jurisprudencia y Ciencias Sociales “Dr. Isidro Menéndez”, representada por el Dr. Alfredo Ortiz Mancía como decano y el Dr. Manuel René Villacorta vicedecano.
- Facultad de Cultura General y Bellas Artes “Francisco Gavidia”, representada por el Dr. Hugo Ernesto Lindo como decano y el Dr. David Escobar Galindo como vicedecano.
- Facultad de Economía “Dr. Santiago Ignacio Barberena”, representada por el Dr. Francisco José Barrientos como decano.
Sus principales socios fundadores fueron: el Sr. Luis Escalante, presidente del primer consejo directivo; Dr. Alfonso Rochac, nombrado como vicepresidente; Dr. Guillermo Trigueros, nombrado rector de la Universidad y el Dr. Rafael Antonio Carballo, elegido como vicerrector.